Naše škola patří mezi školská zařízení malotřídního typu a poskytuje výchovu a vzdělávání dětem se speciálními vzdělávacími potřebami, nejčastěji lehkým mentálním postižením, které potřebují individuální přístup a vhodnou podporu pro co nejefektivnější rozvoj všestranných vědomostí, užitečných schopností i společenských dovedností. Jak už název školy napovídá, chceme u nich rozvíjet především takové znalosti, které budou dobře uplatnitelné v praktickém životě. Někteří žáci jsou také vzděláváni podle individuálního vzdělávacího plánu (IVP) nebo mají umožněnu individuální docházku do školy či zkrácené vyučování. Úzce spolupracujeme především se speciálně pedagogickými centry v Českých Budějovicích a pedagogicko - psychologickou poradnou v Jindřichově Hradci.
Základní škola praktická v Třeboni má výhodnou polohu u autobusového nádraží. V letošním školním roce vzdělává 32 žáků, kteří docházejí přímo z Třeboně nebo dojíždějí z Českých Velenic, Domanína, Chlumu u Třeboně, Kojákovic, Lišova, Lomnice nad Lužnicí, Lužnice, Miletína, Mláky, Nové Hlíny, Staré Hlíny, Suchdola nad Lužnicí, Štěpánovic a Zvíkova. Všichni učitelé mají příslušnou kvalifikaci speciálního pedagoga, ve škole působí také dvě pedagogické asistentky a jedna pedagogická asistentka/vychovatelka ŠD. Nedílnou součástí školy je po dlouhou řadu let i jedna třída desetileté základní školy speciální (ZŠS) pro děti se středně těžkým až hlubokým mentálním postižením, souběžným postižením více vadami a autismem, kde jsou žáci většinou vzděláváni podle IVP vycházejícího ze školního vzdělávacího programu (ŠVP) na míru přizpůsobeného jejich specifickým potřebám, intelektovým hranicím, osobnostním možnostem a předpokládaným schopnostem. V budově školy se nacházejí 3 třídy a několik odborných učeben (cvičná kuchyně, 2 dílny dřevo/kovo, počítačová učebna, 2 pracovny PV/VV, samostatná pracovna ZŠS). Součástí školy je školní družina, školní pozemek a tělocvična, na obědy děti docházejí do jídelny SŠRV Jakuba Krčína. Škola je bezbariérová.
Základní škola praktická v Rapšachu je odloučeným pracovištěm ZŠP Třeboň. Budova byla postavena již v roce 1877 a během let zmodernizována. Jako školské zařízení slouží od roku 1978. V letošním školním roce vzdělává 11 žáků, kteří docházejí přímo z Rapšachu nebo dojíždějí z Českých Velenic, Dvorů nad Lužnicí, Nové Vsi nad Lužnicí a Suchdola nad Lužnicí. Působí v ní tři speciální pedagožky a jedna pedagogická asistentka/vychovatelka ŠD. Také zde mohou být žáci vzděláváni podle programu ZŠS (integrace na obou stupních). V budově se nacházejí 2 třídy, cvičná kuchyně, pracovna PV/VV a školní družina, na tělesnou výchovu a obědy děti docházejí do objektu místní ZŠ. Škola má také svoji zahradu. Bezbarierová prozatím není.